La actual Hermandad de San Juan, uniformada con túnica de terciopelo rojo, capirucho verde y tambor ronco en rojo, se fundó con el nombre de “Judíos Discípulos de San Juan” el día 13 de Abril de 1959; posteriormente en Cabildo de El Buen Pastor celebrado por la Cofradía de Nuestro Padre Jesús Nazareno el día 12 de Abril de 1964, le fue concedida a esta Cuadrilla la de la Vera Cruz y, por último, en Cabildo de El Buen Pastor del día 2 de Mayo de 1965, fue reconocida ésta como única Hermandad de San Juan de la Cofradía de Nuestro Padre Jesús Nazareno de Baena.